این مرکز از سال 1384 به طور غیر رسمی تحت عنوان گروه پژوهشی تنظیم پاسخ‌های ایمنی با هدف انجام مطالعات مستمر در جهت شناسایی، جداسازی، تخلیص ایمونومدولاتورهای گیاهی و تنظیم پاسخ‌های ایمنی در بیماری‌های مختلف آغاز به کار نمود. فعالیت اصلی این گروه بر شناسایی و ارزیابی پاسخ‌های ایمنی در جانبازان شیمیایی با هدف ارائه روش‌های تشخیص و پروتکل‌های درمانی مناسب برای این گروه از بیماران تمرکز یافت.

در سال 1390 مرکز تحقیقات تنظیم پاسخ‌های ایمنی به طور رسمی موفق به اخذ مجوز اصولی و در سال 1393 موفق به اخذ مجوز قطعی از کمیسیون شورای گسترش وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی گردید.